在这个世界上曾经有一个传说，史上真的存在着人鱼，而且如果吃了人鱼的肉就可以长生不老。随着时间的推移，这个传说逐渐的被人淡忘，可是直到一位叫涌太（山寺宏一 配音）的人出现时，这个传说又被再次提起。涌太原本是一名普普通通的渔夫，不过他已经活了好几百年，原因其实很简单，他吃了人鱼的肉。如果在常人看来，涌太真的很幸运，不仅能长生不老，而且面容也不会衰老。可是涌太却不这样想，他一直在寻求如何解除人鱼肉长生不老的诅咒。因为，他经历了太多生老死别，再也不想面对与至亲的痛苦离别。所以涌太游走于全日本，想找到破解长生不老的方法，直到有一天他遇上了名叫真鱼（高山南 配音）的少女……

故事发生在日本的江户时代，一名神秘的男子出现在了武士桂小太郎（石田彰配音）的面前，他手握妖刀“红樱”，要求试刀，这个夜晚之后，桂便下落不明。桂的宠物伊丽莎白（高松信司配音）找到万事屋的神乐（钉宫理惠配音）和新八（坂口大助配音），委托他们寻找主人的下落。同时，银时（杉田智和）也受到委托，寻找四处作恶的红樱的下落。三人的线索汇聚到了一艘空中飞艇上，由于远离警察的管辖范围，飞艇里的恶势力一手遮天。在那里，银时遇见了曾经的战友现在的对手高杉晋助（子安武人配音），高杉正带领着自己的鬼兵队企图毁灭江户。一面是穷凶极恶的恐怖分子，一边是暴虐嗜血的妖刀红樱，身受重伤的银时能够平安脱险拯救江户吗？此次剧场版重制了《银魂》动画中的《红樱篇》，其中，在原作中未出场的真选组也将在故事中大显身手。